I tedeschi del Bayern Monaco rappresentano un avversario classico per le squadre italiane nelle competizioni europee con numerosi e storici doppi confronti, anche se il primo confronto dei bavaresi con una italiana in Coppa dei Campioni si è registrato per la prima volta soltanto nel 1990. All’altezza delle semifinali di quella edizione, infatti, il Milan di Arrgo Sacchi estromise i rossi di Baviera grazie alla regola dei gol che in trasferta valgono il doppio. All’Olympiastadion i rossoneri persero per 2-1 nei supplementari, ma Stefano Borgonovo firmò il gol provvidenziale del passaggio del turno con un pregevole pallonetto che castigò Aumann.
Tuttavia, con la nuova formula della Champions League gli intrecci tra il Bayern e le italiane si sono infittiti enormemente. Nel 2003 nella fase a gironi lo stesso Milan lo ha battuto per due volte per 2-1, così come ha fatto la Juventus nel 2005 con due successi di misura. Mentre lo stesso Milan ha estromesso i tedeschi per due anni consecutivi all’altezza dei quarti di finale nel 2006 e nel 2007. Nella fase a gironi del 2006 il Bayern aveva affrontato anche la Juventus con un successo per parte. Ad ogni modo, nel 2007 i bavaresi hanno avuto la peggio anche in un doppio confronto nella fase a gironi contro l’Inter, mentre nel 2009 hanno registrato un pesante successo ai danni della Fiorentina.
Nella stagione del 2009/2010 in Champions League poi i confronti al cospetto delle italiane si sono intensificati: nella fase a gironi il Bayern ha estromesso la Juventus con un successo di notevoli dimensioni a Torino, espugnando il Delle Alpi con un sonante 4-1, mentre nei quarti i tedeschi hanno poi eliminato seppur con molta fatica la Fiorentina. Vittoria per 2-1 all’Olympiastadion e quindi sconfitta per 3-2 al Franchi, ma il computo dei gol segnati in trasferta che ha dato ragione ai tedeschi. Quindi, il raggiungimento della grande finale, dove il Bayern al Bernabeu di Madrid viene battuto per 2-0 dall’Inter e dalla doppietta di Diego Milito.
Nella stagione successiva del 2010/2011 il Bayern riesce a superare la Roma nella fase a gironi, ma negli ottavi deve cedere il passo ancora una volta all’Inter, malgrado l’impresa centrata di vincere di misura a San Siro. All’Olympiastadion, infatti, il Bayern perde per 3-2, consentendo ai milanesi di avanzare. L’ultima squadra italiana ad affrontare il Bayern Monaco in Champions League è stato, comunque, nel 2011/2012 il Napoli, sconfitto per 3-2 in Baviera, ma poi capace di ottenere un prezioso pareggio per 1-1 al San Paolo.
Al di là di sporadiche affermazioni, il Bayern ha dunque sempre sofferto il calcio italiano nelle competizioni continentali.